总评：
和二代长达十九章的战役相比，只有七关的三代略显简短，作为弥补，每个关卡的地图相较于二代大了许多，少数几关的规模达到了一代的程度，敌人的数量也有增加，除了主要任务以外，仿照一代的战役增加了一些支线任务，战役的地点仍然集中在纽约，只是二代中繁华的城市在多年以后已经变得荒芜，有机的结合了一代野外作战和二代城市作战的特点，在剧情上也较好的承接了一代和二代的内容，在很多细节上采用了前作的资料，只是二代中的阿卡特兹（alcatraz）在三代中完全没有出现，无论是躯体还是意识都被普若非全面取代，一代中的塞可成为了最重要的配角，从外貌看，塞可已经是个有着略胖圆脸的中年人，只是那口英国腔还是丝毫未改。新增的卡莱尔带有指挥官和科学家的两种性格特征，到第四关才揭开了她才是剥离塞可纳米服的人，后来才转入抵抗组织，经历也比较复杂，瑞希对普若非的态度充满了哈格里夫的逻辑，从他创造了纳米服这种说法，以及普若非认为他用Ceph的DNA延迟了衰老来看，他似乎正是当年的哈格里夫，或者和哈格里夫有某种牵连，但战役中并没有明确的说明他和哈格里夫是同一个人，对他的背景描绘并不多。为了进一步说明这些事件，实际上战役中可以穿插一些回忆性质的关卡，由塞可来完成，体验一下作为一个普通士兵在游戏中的作战情况。
CELL方面战役中并没有塑造一个鲜明的反面人物，而是用CELL非常冷静的NAX人工智能取代了人类形象，通过她来不断发布命令和提供各种资讯，就CELL的装备看，和二代并没有太大的区别，只是多了些智能地雷之类的改良产品，从剥离纳米服的措施来看，CELL似乎全面销毁了这种技术，但并没有取代它的技术出现，在游戏中很多角色都提到纳米服只是一个外骨骼，实际上纳米服是个生物外骨骼，从现有的技术条件来看，制造一种纯装甲性质的外骨骼并不是难事，如果CELL没有纳米兵，那么生产一些用于强化士兵的普通外骨骼装备也是可以的，这样可以增强装甲，携带更多的武器，保持更快的运动能力，如果要更强些，还能增加隐形能力。在缺乏足够的装甲车辆的情况下，出现这种兵种能够弥补CELL士兵战斗力较差的缺陷，这样也有了可以对抗纳米兵的有效单位，在基地内部，部署一些盾牌兵也是很不错的选择。
虽然在任务背景中CELL已经垄断了市场，但政府军在战役中置身事外仍然非常奇怪，在末尾普若非摧毁了外星战舰后，政府又突然出现没收了CELL的所有资产。从现实角度和战役编排看，CELL前期和抵抗组织的小规模作战政府军可以特种作战的形式介入，CELL、抵抗组织、Ceph和政府军之间是彼此对立和相互利用的，在Alpha-Ceph逃出以后，建立光柱和虫洞，想要从母星系召唤入侵舰队时政府军开始全面介入，刚开始四方混战，产生不少摩擦，尔后在大敌当前时再进行合作，这样也增加几个相互冲突的新关卡，也可以充分利用后期关卡那几个庞大的地图，进行更大规模的空地协同作战，引入类似于一代的地面装甲车辆和武装直升机。
Ceph这次增加了好几个新单位，包括喷火的烈焰者、悬浮的侦察单位、心灵控制者和Alpha-Ceph，但是出场的次数均不是很多，前作的大型兵种Pinger和重型步兵仍然在编，只是重型兵的装备略有改良，迫击炮的威力很大，从实际的作战情况来看，心灵控制者和重型步兵反而是最难的单位，个头不大，但武器很有杀伤力，令人奇怪的是Ceph似乎不再有隐形单位，也没有带有防护盾的小队长，少了很多特色，只是这一次Ceph的五种武器可以独立使用，相对实用的是闪电狙击枪和X-PAC迫击炮，只是弹药补给并不算多。
传统武器中这次主要新增了复合弓、台风步枪、FY71和一把新的机枪，复合弓最大的优势是暗杀时保持隐身，而且弓箭可以回收，弹头也有好几种，对付很多普通单位都是一击必杀。台风步枪的射速很高，近距离杀敌较快，后座不明显，但射程稍远弹着点的散布比较大，子弹的威力也偏小，弹药的消耗量过快。FY71和新机枪出现在联网作战中，单机任务里似乎没有注意到。配件方面这次增加了很多，有好几种枪支都有两种弹药，还增加了重型枪管和制退器，一些步枪上可以安装高倍瞄准镜，两种瞄准镜内的基线也做了调整，颜色改成了黑色，比二代要更细一些，这样在瞄准远处敌兵的时候不容易遮住目标。MK60机枪在游戏中出现的次数非常多，但是弹药基数仍然是200发，Grendel出现的次数反而少了，携弹量比前作略有增加，达到了144发。
