《合金装备》系列游戏是日本著名游戏设计师小岛秀夫(Hideo Kojima)开发制作的经典作品。自从1987年在MSX上推出第一部游戏《合金装备》(Metal Gear)之后，该系列又分别在1990年推出了《合金装备2》(Metal Gear 2 Solid Snake)和《合金装备——蛇之复仇》(Metal Gear：Snake’s Revenge)，在2000年推出《合金装备——幽灵之乱》(Metal Gear Solid：Ghost Babel)，并且在2001年推出了《合金装备2——自由之子》(Metal Gear Solid 2：Son of Liberty)。
在这些作品中，有的是MSX2版，有的是NEC版，有的是PS版和PS2版，还有的是GBC版，不过，无论是什么版的，都受到全世界无数“合金装备”迷们的喜爱。最近，该系列新推出的PC版(还有PS2版和XBOX版)《合金装备2——实体》，是众多玩家所一直期待的超重量级作品。它除了将前作《合金装备2——自由之子》的全部特色整合在一起之外，还增加了很多新内容，成为一款黄金版的游戏。玩家不仅可以扮演Snake自始至终地进行游戏，还可以扮演其他角色(如Raiden和Pliskin)，让玩家从不同角度来体验游戏所带来的惊险和刺激。此外，游戏中增加的200多个VR任务和100多个附加任务，特别是5个Snake Tales任务，也将使得无论新老玩家都能充分享受到游戏的乐趣。
《合金装备2——实体》的故事发生在“影子摩西岛事件”几年之后，有关合金装备技术的秘密情报被Revolver Ocelot卖到了黑市交易场。于是，世界上很多国家都研制生产了合金装备。为了打破这种不利局面，美国海军决定制造一种新型合金装备来对付其他类型的机体，而Snake的任务就是秘密潜入美国海军运送新型合金装备的油轮，将其外形拍摄下来，然后向外界公布，以抵制该武器的全面生产。在获知运送新型合金装备的油轮行进时间和路线后，Snake在纽约的华盛顿大桥上做好一切准备。当油轮从桥下经过时，他纵身从大桥上跳了下去……
油轮篇
Tanker Chapter
AFT DECK
跳到油轮上后，Snake先与Otacon通过无线对讲机交谈。其间一支恐怖分子的小部队也来到油轮上，他们杀死了油轮上的海军士兵，并把尸体扔到水中，然后控制了油轮的部分区域。此时，由于Snake只装备了M9麻醉枪，因此要尽量避免与敌人的直接冲突。先顺着对面的楼梯走上去，跳过箱子，拿到Chaff Grenade(电子干扰弹，干扰电子侦察设备)，然后返身下来，沿着右侧船舷向前走，在船体后部找到Pentezemin(镇定剂)。接着一路来到油轮左侧，打倒这里巡逻的敌人，从楼梯下面和栏杆旁边分别拿到Bandage(绷带，止血用)和Ration(军用压缩食品，补血用)，然后打开楼梯旁边的舱门走进去。
DECK-A，CREW’S QUARTER，PORT
先往左侧走，来到舱门前发现这扇门根本无法打开。于是返身沿着走廊向右走，经过一扇滑门时走进去，从里面的柜子中分别拿到Ration和M9 Bullet X 15(M9麻醉枪子弹)，还看到一张美女海报。接着继续沿走廊向前走，打倒一个敌人，进入下一区域。
DECK-A，CREW’S LOUNGE，STARBOARD
转过拐角，悄悄向前走，不要惊动前面坐在楼梯上的敌人。将他打倒后从楼梯对面酒吧中的柜台后面拿到M9 Bullet X 15，然后顺着楼梯向上走，穿过东面的舱门。如果经过楼梯继续向前走，可以顺着前面的楼梯走下去，打倒一个正在打盹的敌人，拿到USP Bullet X 15(USP手枪子弹)。
DECK-B，CREW’S QUARTER，STARBOARD
来到走廊的北端，发现一个敌人的影子倒映在地面上，等他转身后，可迅速转过拐角将其打倒，然后按顺时针方向沿走廊前进。在路上打倒另一个敌人，同时分别从一个柜子里面和一个角落中拿到USP Bullet X 15和Ration，最后顺着西侧房间中的楼梯走上去。
DECK-C，CREW’S QUARTER，PORT
来到楼梯顶端后，发现前面走廊左侧墙壁上安置着一架摄像机，这时要紧紧贴着走廊左侧的墙壁向前走才能避开摄像机的监视。等到离开摄像机的监视范围后继续沿着走廊向前走，分别在前面的柜子里和走廊尽头处楼梯下面的凹洞中拿到Chaff Grenade和Ration，然后返回到靠近柜子的地方，顺着楼梯走上去。
DECK-D，CREW’S QUARTER
先沿着走廊向东走，进入北面的厨房，在里面拿到M9 Bullet X 15和Box 1(纸箱子，用于隐藏)，然后返身出来，沿着走廊向南走，这时Otacon发来信息，提醒要避开前面的Semtex(红外线炸弹装置)。等到将巡逻的敌人打倒后，趴下身，从红外线光束下面爬过去(最好将旁边的灭火器打破，让白色粉末显示出红外线的位置后再通过)，然后转过拐角，顺着右侧楼梯上楼。
DECK-E，THE BRIDGE
来到控制室后，发现一队俄国武装人员乘坐Kasatka直升飞机登上了油轮。Snake用对讲机向Otacon说明情况后，从控制室西面的舱门离开。这时Olga Gurlvkavich正在用对讲机与父亲通话。Olga的父亲要求她马上离开油轮，可是Olga却要留下来战斗，尽管她已经怀孕了。等到Olga和她父亲的对话结束后，Snake用麻醉枪瞄准了她，让她不要轻举妄动，并将身上的武器扔到水里。Olga先顺从地将手中的短枪扔了出去，然后又拿出了匕首。其实Olga的匕首是一把特制的枪，当她要把匕首扔出去的时候，趁势向Snake射出了一颗子弹，然后双方之间的枪战开始了。
首先需要清楚的一件事情是，由于Snake的武器只有M9麻醉枪，所以Olga是不可能被Snake杀死的。而Olga的武器则是一把轻型USP，射出的子弹会对Snake造成很大伤害，另外Olga还会投掷手雷，这也是Snake所必须小心的。在枪战中，Olga将一直朝着最后看到Snake的方向射击。如果Snake停留在Olga视线之外一段时间没有向她射击，那么她将进入一种迷惑状态，头顶上会出现一个问号，并且开始发疯寻找Snake。
不过假如Snake向Olga开了枪，就会暴露出自己的位置，Olga将不断朝Snake发动攻击。另外在战斗过程中还有两个对Snake来说非常不利的因素，一是甲板上的探照灯，Olga会将它照向Snake，令Snake无法清楚地看到她的所在位置;另一个是箱子上面的帆布，当Olga中了几枪后，便会将帆布放下来，然后自己躲在帆布后面开火。对付Olga的方法是在战斗开始后，快速来到西侧的箱子后面，趁着Olga还朝着Snake刚才所在的位置射击的时候，瞄准她的头部射击，这样会更快地令其晕倒。如果有机会，还要赶快将甲板上的探照灯打碎，以免它带来麻烦。接着快速跑到东侧的箱子后面，避开Olga的攻击并继续向她射击。等到Olga将帆布放下来后，她的射击命中率就会提高。
这时Snake也要加快移动速度，躲避Olga射过来的子弹和投掷过来的手雷，同时打断拴住帆布的白色带子，让帆布飞走，这样Olga就没有可利用的优势了。几个回合之后，Snake终于将Olga打倒。先从她身上拿到军牌和USP手枪，然后从对面的箱子旁边找到Ration。接着来到甲板东面，经过一段楼梯，打倒从前面舱门中出来的敌人，从平台上拿到Wet Box。返回到楼梯处，顺着上面的梯子一直爬到顶端，找到Thermal Goggle(热能探测器，可以用作夜视仪)，然后返身下来，从刚才那个敌人出来的舱门进入油轮内部。
DECK-D，CREW’S QUARTER
下楼之后，装备上Box 1，进入西侧的房间，这样可以避开摄像机的监视。来到长桌后面，等敌人离开房间后，拿上Ration和USP Bullet X 15，然后从东北面的房门离开，顺着楼梯走下去。
DECK-C，CREW’S QUARTAR，PORT
从楼梯下来后，紧贴着走廊左侧的墙壁一直向前走，避开摄像机的监视，从走廊另一端的楼梯下去。当然，由于Snake已经拿到了USP手枪，也可以直接用USP手枪击中摄像机将其破坏，然后走过去。
DECK-B，CREW’S QUARTER，STARBOARD
由于刚才已经走过这里，因此没有什么可拿的东西了。沿着走廊一直向右走，趁巡逻的敌人转身时从后面将其打倒，然后从东面走廊左侧的房门离开。
DECK-A，CREW’S LOUNGE，STARBOARD
来到水手休息室，等待台阶前巡逻的敌人经过，走下台阶，从他身后将其打倒，然后沿着走廊一直向西走。顺着楼梯下去之后，发现有个敌人正在睡觉，不要管他。拿到USP Bullet X 15后(如果先前没有拿到的话)，返回到走廊东面，顺着楼梯下去，拿着Stun Grenade(闪光烟雾弹)穿过房门。
ENGINE ROOM，STARBOARD
机房中有重兵守卫，行动一定要谨慎。从房门出来后沿着走廊一直向前，经过一扇门，在前面的墙壁上发现Raven(《合金装备》中的人物)的影子。走过去检查，原来是他的人偶投影。这个房间中的第一个柜子里有一具死尸，将柜子打开他就会倒下来。拿到箱子上的USP Bullet X 15后，从刚才经过的房门离开。出来后发现一个敌人正在栏杆前伸懒腰，将他打倒，他会从栏杆上掉下去摔死。沿着楼道走下去，打倒另一个敌人，来到南面的栏杆前。从栏杆上跳下去，躲到北侧角落中，看准机会打倒巡逻的敌人，然后走下西面的一小段台阶，从通道的北面拿到Ration。接着转身沿通道一直向前走，路上打倒一个敌人，走过两段楼梯后，进入左侧的房门。
在路上，分别可以拿到USP Bullet X 15和Grenade(手雷)。沿着走廊向前走几步，发现后面的房门里走出一个敌人正在与头目通话，趁机将他打倒，然后继续向前走。来到通道北端的门前，这时Otacon发来消息，提醒前面有Semtex陷阱，而绿色的控制光点则能解除这个陷阱，因此要到达下一扇门前，必须先破坏绿色的控制光点。带上Thermal Goggles，观察右侧墙角可发现一个绿色控制光点。紧贴左侧的柜子，向右探身，用USP手枪将其破坏，然后转身跳上身后的箱子，拿到USP Bullet X 15，并看见前面墙壁上的第二个绿色控制亮点，将其破坏后，从箱子上跳下来。向前走几步，带上Thermal Goggles，找到左侧墙角的第三个绿色控制亮点，破坏之后，穿过前面的舱门。另外，如果选择简单的游戏模式，那么可以直接匍匐着爬过去，避开红外射线。
DECK-2，PORT
穿过舱门，发现油轮已经驶过了Verrazano Bridge Checkpoint。Snake和Otacon原定在这里会合，不过由于任务还没有完成，Snake只好在拍摄过合金装备之后再另想办法离开油轮。沿着通道一直向前走，先后打倒路上的几个敌人，并拿到一些USP Bullet X 15，然后穿过尽头处的舱门。
DECK-2，STARBOARD
接下来的战斗将非常激烈。装备好USP手枪，沿着走廊向前走，如果需要，从通向南面的通道转弯附近拿到USP Bullet X 15，然后继续顺着走廊前进。从北面墙上的管子后面找到Ration和USP Bullet X 15，再走出一段距离之后，Snake发现一队全副武装的家伙来到了DECK-2 STARBOARD上，对油轮船舱的各个出入口加强了守卫。Shake躲在一个箱子后面，偷听到了敌人与上司之间的全部对话。
原来Gurlukovich让他们在海军将军向士兵讲话时对整个油轮加强戒备，同时还要保护好Olga的安全。突然有一个敌人沿着靠近Snake藏身处的通道走了过来。很快这个家伙就发现了Snake，并开枪射击。Snake躲在箱子后面还击，敌人潮水般不断出现，用的都是全自动步枪，而且战斗时间拖延过长，他们还会投掷手雷。因此战斗开始后要迅速躲到箱子后面，用箱子做掩体向敌人射击的效果不错，就是会多耗费一些子弹。
不过最后还是要从箱子后面起身，以第一人称视角与敌人战斗更容易消灭他们。先从最靠近自己的敌人入手。虽然直接命中敌人头部的打法效果很好，但没有必要那么做。当敌人跳出来向Snake射击的时候，如果无法迅速干掉他们，可再次以箱子为掩体，同时留意自己上方的蒸汽管，因为它们可能会被打爆。另外，Snake的身后有很多Ration和USP Bullet X 15，如果体力不支或没有子弹可以随时补充。杀死第一批敌人后，可能后面还会有两个敌人向Snake开火，Snake仍要停在原地以第一人称视角向敌人射击。
干掉这些敌人后，会有另外3个敌人朝Snake冲过来，在他们跑动时迅速将他们杀死，否则他们会先向Snake开火。结束这场小型战斗后，Snake打开前面的舱门走进去，没想到有个敌人在刚才的战斗中没有被杀死，不过他是一个胆小鬼，不敢把Snake怎么样就放他过去了。等到Snake穿过舱门后，他从后面将舱门反锁。正当他长舒一口气的时候，Revolver Ocelot突然出现，他开枪打死了这个胆小鬼，并冷冷地朝着尸体说了一句：“上校很快就会和你见面了。”
HOLD No.1
现在进入了船舱区域，这里存放着被运送的Metal Gear Ray。在第3个船舱里，海军将军正在利用前两个船舱里的投影仪打出投影向他的士兵们讲话。在与Otacon通话完毕后，Snake必须在7分钟之内来到第3个船舱，分别把Metal Gear正面、左右侧面以及带有Marine字样的部分拍摄下来，然后通过船舱里的微型工作站把这些照片传输给Otacon。顺着梯子向下走，进入第一个船舱。向外会看到一大群海军士兵聚在投影屏幕前听将军讲话。注意一定不要惊动他们，否则游戏就会结束。在他们的身后悄悄行进，直到一台投影仪进入视线，注意不要把头探入到投影仪打出的光束里，否则每个海军士兵都会看到Snake的影子。
要小心地从光束下面爬过去，并且不要撞上靠近投影仪的士兵。慢慢向西边爬行，来到一条通向北边的通道，这里有一个盖子，打开后顺着梯子爬下去，然后沿着下面的通风井一直爬到房间东北角，顺着梯子爬上来后，穿过前面的舱门进入第2船舱。如果不走这条路，可以沿着通道一直向北走，注意路上的金属板，踏在上面会发出声响惊动海军士兵。慢慢向前爬行，从前面的舱门离开。
HOLD No.2
进入第2个船舱，Snake会看到在房间后边有两个相同的投影仪。这两个投影仪可以在一段时间内从右至左改变投影，吸引海军士兵们的目光。从这里到达第3个船舱也有两条路线，第一条路线很直接，悄悄来到投影仪旁边，匍匐着爬过去。在投影仪右侧起身，打开一台投影仪，投影在左边屏幕上，然后继续向东走，发现一条通向北边的通道。通道上有金属板，注意不要发出声响。一直爬到通道尽头，转过高大的箱子就可以找到舱门。
第二条路线不是直线的，需要穿过通风井。走这条路线会多花一些时间，因为全程都必须匍匐前进，不过这条路线相对来说比较安全，不容易被发现。通风井在船舱的西南边和东南边。爬行时会有一个士兵把夹子从铁箅子中掉下来，这时一定要躲在通风井里不要动，直到士兵放弃找那个夹子为止，然后继续向前爬到尽头，进入第3个船舱。
HOLD No.3
现在进入了第3个船舱，这里是装载Metal Gear Ray的地方，也是将军讲话的场所。将军会在他讲话时要求手下放松。趁着这个机会，Snake要赶快隐藏好，否则很快会被敌人发现。如果再过3分钟就更加危险，因为将军会突然大叫，提醒大家小心入侵者。听到将军的喊声，敌人们都会转头向将军叫声的方向看去，不过他们并不是在找Snake，而仅仅是为了防范，这时一定要确保不在敌人的视线之内。
在这个船舱里一定要得到那几张照片。如果先前从第2船舱由第一条路线进入第3船舱，那么先悄悄来到船舱西侧，然后从西边跑到船舱北边，躲在将军的演讲台后。抬头观看Metal Gear可以看到Marine的标志，先将其拍照下来，然后再分别从船舱的左右两侧和后面将Metal Gear的样子拍照下来。如果先前从第2船舱是由第二条路线进入第3船舱，那么Snake将直接来到将军身后Metal Gear的下方。
继续沿着通风井前进，从梯子爬上来后，再顺着铁杆滑下去，来到将军讲话时所在高台的右侧。用M9麻醉枪打倒这里的海军士兵，然后开始拍摄Metal Gear的照片。在拍摄Metal Gear照片时，如果角度选择正确，Snake在按下快门时就会说一声“Good”。等到将照片拍摄好后，来到船舱东南角的微型工作台前，将它们全部传送给Octcon。
Snake的任务终于完成了，然而情况却发生了变化，Revolver Ocelot突然出现在讲台上。他威胁说已在油轮上放置了很多炸药，让海军不要轻举妄动，同时Gurlukovich也出现在将军身后，用枪口顶住将军的头，命令将军让海军投降。看来俄国人已经完全控制了局势，他们将把Metal Gear从美国海军手中劫走。不过让所有人都没有想到的是，Revolver Ocelot竟然决定要自行将Metal Gear带走，而Gurlukovich和他的手下也都死在Revolver Ocelot的枪下。
面对这种混乱场面，Snake冲到Revolver Ocelot面前想要制止他，可是Revolver Ocelot根本不把曾经打断自己右手的Snake放在眼里。不过当他举起右手时却似乎变成了另一个人，他的体内好像有两个灵魂。原来Revolver Ocelot的右手是从Liquid Snake身上移植过来的，而Liquid Snake则通过自己右手而借用Revolver Ocelot的身体重新复活，他们两个人已经合为一体。最后，Revolver Ocelot驾驶着巨大的Metal Gear将油轮一分为二，从船身中冲出潜水离去，而Snake则被卷入了汹涌的巨浪之中……
平原篇
Plant Chapter
“油轮事件”过去两年了，Solid Snake还是杳无音信，或许他已经死在波涛之中……
为了清理被污染的近海，美国启动了一项被称为Big Shell的巨型环保设施。可是该设施却被名为Dead Cell的恐怖分子团伙所控制，并且他们还把来这里视察工作的美国总统劫持，扬言已在设施的关键结构中安放了炸药，如果美国政府不交出300亿美元的赎金，就要炸毁设施。如果Big Shell真的被炸毁，那么所泄露的大量化学毒素就将导致有史以来最恶劣的一次环境污染，为此美国政府立即派出“海豹特种部队第十小组”(SEAL Team 10)来解决这次恶性事件。在行动小组中，也有一个名叫Snake的特种兵，不过他不是Solid Snake。当他来到Big Shell后，立即使用对讲机与上司Roy Campbell上校联络。Campbell给他指派了两个任务，一个是秘密潜入Big Shell，寻找并解救总统和其他人质，另一个是使用一切手段消灭恐怖分子。另外Campbell上校还将Snake的代号改为了Raiden。
STRUT A，DEEP SEA DOCK
行动开始后，Campbell上校会经常给Raiden发来信息，指导他如何完成任务。对于一个特种兵来说，这似乎没什么必要，而且让人感到很烦。当前，Raiden的首要任务就是要找到Node电脑，输入自己的资料以开启雷达。先从对面台阶下面的通风井爬进去(通风井开口处有很多虫子)，向右走，出来后拿到Ration，然后返回来，登上台阶，从前面的第二个柜子里又找到一个Ration。柜子的右面有一扇门，打开它时要留意周围的动静，这时会出现一个蒙面人，似乎也是秘密潜入Big Shell的不速之客。
进入前面的房间，通过下一道滑门，隐约看到刚才的蒙面人穿着灰色夜行衣，带着头巾，看上去有点像传奇人物Solid Snake。等到他将这里的两个敌人打晕后，Raiden朝东北角的Node电脑走过去，将自己完整的资料输入后便可以开启雷达，对周围的地形有了大概了解。这时，Campbell又一次呼叫Raiden，告诉他不要使用敌人丢下的武器，因为敌人的武器都被记录了档案，如果冒然使用，会被敌人发现，此外Campbell上校还向Raiden介绍了Big Shell的构造。
原来这个设施主要分为两部分——Shell 1和Shell 2。每部分由一个核心和6根支柱组成，它们之间有桥梁连接，Raiden需要在这些复杂的架构中找到总统被关押的地点。最后，Campbell上校告诉Raiden，可以随时呼叫自己的女朋友Rose来为自己保存记录。对此Raiden感到非常气愤，他不想自己的女朋友也卷入这场危险的行动中。通话结束后，被打晕的敌人开始苏醒了，Raiden急忙往回跑到刚才的房间，等看到电梯下来后，重新走回来，利用房间中央的箱子避开巡逻的敌人，然后赶快跑到电梯上去。电梯向上行进时，Raiden摘下了自己的面具，让人看到了他的真面目。
STRUT A，ROOF
与Campbell上校通话后，向前走，跳到箱子上得到绷带。小心这里的海鸥，踩到它们的鸟粪会滑倒。在西南边，Raiden找到M9子弹，然后来到西北边的铁栅栏前，这时Campbell发来信息提示下面有一个洞口可以通过，于是Raiden便从洞口爬过去，然后穿过对面的房门。
STRUT A，PUMP ROOM
顺着楼梯走下去，Raiden发现两个敌人正在商量，一个要到房顶查看，一个留下来巡逻。等到一个敌人离开后，Compbell发来消息，提示Raiden如何利用敲墙发出动静来吸引敌人的注意力，于是Raiden利用这个技巧将敌人吸引到另一边，而自己来到Node电脑跟前开启雷达。接着Raiden又先后从东西两侧楼梯旁边的柜子中拿到Ration和Socom子弹，然后从房间西北角的门离开。
AB CONNECTING BRIDGE
来到架桥上，Campbell上校发来信息，提示有关悬吊技能的特点，不要忽略这个提示，因为在后面的任务中还要多次使用悬吊技能。通话结束后，Raiden立刻跑到西侧的栏杆旁边，翻身悬挂在架桥边沿上，然后摇晃着向前行进。等到架桥上的敌人走到南侧的时候，快速翻身跳到架桥上，穿过旁边的出口。
STRUTA B，TRANSFORMER ROOM
进入走廊，发现前面横七竖八躺着海豹特种部队成员的尸体，地上血迹斑斑，原来他们都被Dead Cell的一个成员Vamp杀死。正当Vamp想要对Raiden动手时，另一个长得酷似Solid Snake的特种兵冲出来解救了Raiden的危机，不过这个人也不是Vamp的对手，只是Vamp并没有杀死他，而是在重伤这个人之后转身离开了。随后Raiden与这个人交谈，得知他叫Pliskin，并且从他口中了解到一些其他有关特种部队和Dead Cell的情况。交谈结束后，Pliskin交给Raiden一支手枪和一包香烟，然后坐在一旁的台阶上休息。而Raiden则拿起栏杆旁边的Socom子弹和M9子弹，穿过北边的房门，又从前面的柜子中拿到Ration和Socom子弹，然后转身从左侧门离开。
BC CONNECTING BRIDGE
在BC联络桥上，海狮特种部队正在围攻一个黑人女子，可是射向这个女人的子弹都在她身前改变了方向，根本无法伤害到她，甚至连落到她脚下的手雷也不爆炸。这时，Vamp从她身后走了出来，将前面扑倒在桥上的一个白衣男子扛走。那个白衣男子看起来像是总统，特种部队队员为了解救总统急忙冲了上去。可是黑人女子突然举起了手中巨大的Railgun，发射出强烈的脉冲光将BC联络桥炸毁，而整个海狮小组也瞬间被完全消灭。既然BC联络桥已被破坏，Raiden只好另寻他路。朝着断桥走过去，得到一些Chaff Grenades，然后走向另一侧，进入房门。
STRUT C，DINING HALL
进入STRUT C，先在食堂西面的厕所找到Socom子弹，然后在东面的厕所找到Pentezemin和M9子弹。接着沿走廊向前，发现左侧的房门是锁着的，无法进入。转过拐角，Raiden看到前面站着一个上了年纪的警察，身旁放着一根拐棍。正当Raiden用枪逼住他的时候，Pliskin出现了，他告诉Raiden此人是海狮特种部队中的炸弹专家Peter Stillman，同时Pliskin还说Dead Cell的成员之一Fatman已在Big Shell的12个支柱中分别安置了C4炸弹，如果不及时拆除，会对建筑中的所有人员造成很大威胁。由于Peter的腿脚行动不便，所以他教给Raiden和Pliskin如何拆除C4炸弹的方法，并交给他们每人一个Coolant和Sensor A。使用Sensor A可以显示C4炸弹的所在位置，而使用Coolant则可以将C4炸药冷冻，使其在24小时内无法爆炸。所有事情交代清楚后，Pliskin决定去拆除Shell 2中的C4，而Shell 1的炸弹则交给Raiden处理。
开始行动后，Peter躲进餐具室中等待Raiden和Pliskin的消息。如果敲击餐具室的房门，Peter便会大叫，非常有意思。从餐具室离开，先进入西侧的房间，避开卫兵，登录Node，然后返回到先前的走廊上。来到东面的厕所，Sensor A显示出这个地区安置着1枚炸弹。这枚C4炸弹就隐藏在洗手盆上方的天花板上，能够从镜子里看到它，用Coolant将其冷冻后从厕所出来，走到BC联络桥上。
BC CONNECTING BRIDGE
来到联络桥上，发现这里有个飞行机器人正在上下来回巡逻。这个东西就是曾经在油轮篇中出现过的Cypher，如果被它发现就会带来很大的麻烦。等到Cyper下降到联络桥下面后，快速跑向对面进入Strut B中。
STRUT B，TRANSFORMER ROOM
进入Strut B后，Sensor A立即探测到1枚C4炸弹，朝着柜子对面的房门走过去便可听到炸弹的脉冲声。进入房间打倒巡逻的卫兵，关闭右侧柜子的门就能看到墙角的炸弹，用Coolant将其冷冻后离开这个房间。沿着走廊向前走，看到前面有个巡逻兵，悄悄来到他身后，扭断他的脖子，然后来到AB联络桥上。
AB CONNECTING BRIDGE
AB联络桥上有两个卫兵分别在桥两侧来回巡逻。要想安全通过，可再次使用悬挂桥栏的技巧，从桥的任意一侧摇摆着来到另一端，然后进入Strut A。
STRUT A，PUMP ROOM
进入之后，先从东侧楼梯走上去(小心卫兵)，来到屋顶找到Chaff Grenades，然后返身下来。穿过台阶对面的房门，在里面有个卫兵绕着房间巡逻，并且在西北角还有监视摄像机。打倒巡逻的卫兵，来到房间东南面。爬上一小段台阶后，顺着管子下面爬向西边，接着爬过一根红色的管子，得到Bandage。然后沿着红色管子往南爬，来到尽头时会看到C4炸弹，用Coolant将其冷冻，然后转身顺着原路爬回去。在离开这里前可以先到房间西南角，顺着台阶走上去，然后沿着右侧的管子下面爬过去，在箱子上拿到Box 1后，从这个房间东北侧的房门出去。
FA CONNECTING BRIDGE
来到联络桥上，看到Cypher正向自己这边飞过来，同时在桥的远端还有卫兵在巡逻。先停身不动，直到Cypher出了视线，然后快速跑到联络桥的另一端，同时提防不要被卫兵发现。
STRUT F，WAREHOUSE
进入仓库后，背靠北侧墙壁藏身，等到卫兵转身，快速跑向东面的墙角，拿到Ration，然后进入旁边的房间，又得到M9和M9子弹。从房间出来，背靠墙壁等待。另一个卫兵走过来，沿着走廊巡查。当他转身后，跑过去扭断他的脖子，然后在东边找到Socom子弹。接着来到西边栏杆前，悬挂在栏杆边上向下看，发现下面有许多箱子。先从栏杆跳到箱子上，再跳下箱子找到C4炸弹，将其冷冻后，跳过箱子出来，在这层西面的房间可以找到Node，并从柜子里拿到Box 2、Ration和Pentezemin。
在靠近Box 2的墙角发现一个通风井，沿着通风井一直爬出去，在下一个房间可找到Socom Suppressor和Socom子弹。跳过箱子后，还可以拿到Mine Detector和M9子弹。从房间出来回到上一层，从南面的栏杆跳到下面的箱子上，可以拿到BOOK、M9子弹和Socom子弹，然后跑上楼梯，穿过前面的房门。
EF CONNECTING BRIDGE
来到联络桥上，发现一个卫兵正顺着另一端的楼梯走上去，Raiden拿出M9将他打倒，然后准备穿过联络桥。这时一个自称是Mr.X的人传来消息，警告Raiden说桥上有一些Claymore地雷，必须装备Mine Sensor才能发现。于是Raiden装备好Mine Sensor，小心翼翼地爬过联络桥，同时将地雷全部拆除收好。
STRUT E，PARCEL ROOM，1F
进入装配室，收到Rose的呼叫。与之交谈后，来到房间西南角，接着从这里向北走，看到一个卫兵正在通话，趁他不注意，先跑到房间西北角，再转到东北角的Node跟前。登录之后向南走，可以在传送带上找到Box 5，然后顺着东面的楼梯走上去，穿过前面的房门。
STRUT E，HELIPORT
从房门走出来，发现Olga Gurlukovich正在通过对讲机与某人通话。等她结束谈话后，顺着楼梯走上去，避开两个巡逻卫兵，悄悄来到战斗机旁边。在战斗机右翼下俯身，可以看到飞机轮子旁边安置着1枚炸弹，用Coolant将其冷冻。来到停机坪左侧，顺着楼梯走下去，打倒一个卫兵，拿到Claymores，然后返回装配室。
STRUT E，PARCEL ROOM，1F
由于刚才已经通过了装配室，因此在这里没什么可做的事情了，只是需要快速通过西北角的房门，来到DE联络桥上。
DE CONNECTING BRIDGE
来到DE联络桥上，发现头顶上方有个卫兵正在张望。他的视野范围很广，并且前后扫来扫去，注意不要被他发现。快速跑到联络桥的另一端，然后顺着楼梯走下去，穿过下面的房门。
STRUT D，SEDIMENT POOL
进入房间，先登录右侧墙边的Node，然后沿着通道向前走，当心上方的卫兵。经过一段楼梯时，跃过一边悬住不动，直到一个卫兵走过去。翻身上来，一直来到走廊尽头，可以看到绿色的铁盖子，打开铁盖子，发现安置在这个支柱中的C4炸弹，用Coolant将其冷冻，然后返回到刚才经过的楼梯处。顺着楼梯走上去，打倒上面的卫兵，在这层的中间部分可找到Ration，接着来到西南角，在栏杆后边拿到Socom子弹，然后穿过旁边的房门。
CD CONNECTING BRIDGE
从房门出来，注意头顶上方的监视器。紧贴着监视器下面的墙壁向前走，以免被它发现。等到桥上的卫兵转身时，跑出去用M9打倒他，然后安全通过联络桥，进入下一个支柱。
STRUT C，DINING HALL
进入Strut C后，穿过走廊右边的房门，来到先前与Peter分手的餐具室。此时Peter已经离开了，他将Sensor B留在这里。原来在12个支柱中安放炸弹的Fatman是Peter的学生，他一心想要在爆破技术方面超过Peter，而这次的举动就是要与Peter比个高低。当Raiden将Shell 1中最后1枚炸弹冷冻时，实际上就是启动了另一枚更加强力的炸弹。由于Pliskin在拆除Shell 2中的炸弹时遇到了麻烦，Peter必须前去帮助他，因此留下了Sensor B，让Raiden使用它在400秒内找到安置在Strut A中的那枚强力炸弹并将其拆除。于是Raiden急忙通过BC联络桥回到Strut B中，打倒沿着走廊巡逻的卫兵，来到AB联络桥上，接着进入Strut A，避开卫兵，一直来到房顶。
STRUT A，ROOF
当Raiden乘坐电梯向下行进的时候，收到了Peter最后一次呼叫。在通话中，Peter告诉Raiden目前的情况非常糟糕，Fatman的技术已经超过了自己，如今他只希望Raiden能够顺利地将Strut A中的炸弹拆除，避免Big Shell被完全损毁。通话还没有结束，Peter那边便传来了爆炸声，而他也随着爆炸声失去了联络。
STRUT A，DEEP SEA DOCK
当电梯停在底层时，Raiden发现这里不但没有卫兵，而且还有很多补给，包括Ration和Socum子弹。来到有水池的房间，Sensor B感应到了炸弹的位置。走下靠近海虫聚集地的楼梯，跃过栏杆，摇摆着来到另一边，然后翻身上来，登上前面的台阶，俯下身体，用Coolant将对面潜水艇下安置的炸弹冷冻。Strut A中的炸弹最终被解决掉了，可是Strut H中的炸弹却爆炸了，幸好Big Shell的整体结构并没有被破坏，而且毒素也没有泄露。Raiden接下来要做的事情是继续营救总统。
返回电梯的房间，Raiden遇到先前的那个黑人女子Fortune，原来她就是油轮篇中海军将军的女儿。几年来，Fortune一直认为Snake是杀害自己父亲的凶手，并且始终想要找Snake报仇。虽然Fortune意识到Raiden并不是自己所要寻找的仇人，但她认为与Raiden战斗是件非常有趣的事情，于是激烈的战斗开始了。同先前一样，Fortune身上的磁场可使任何子弹都改变方向，无法伤害到自己，而且手中巨大的Railgun又极具杀伤力，几乎可以摧毁任何物体。
在与Fortune战斗的时候，Raiden只有躲在铁箱子后面才可避免遭到直接伤害。可是铁箱子周围有一些油桶，被Railgun打中之后便会燃起熊熊大火，对Raiden造成很大伤害。因此Raiden要不断使用侧空翻来躲避Fortune的攻击，将自己受到的伤害程度减少到最小，毕竟这是一次根本无法取胜的战斗，只能先求自保。战斗经过一段时间后，Raiden接到Campbell上校的呼叫，他说Fatman又在Strut E的停机坪上放置了一枚炸弹，要以私人身份向Raiden发出挑战，要求Raiden在400秒内赶到停机坪将炸弹拆除。
可是Raiden目前正自顾不暇地与Fortune战斗，又怎么能够分身到停机坪呢?幸好这个时候Vamp来到这里，向Fortune报告了Fatman已经不听指挥擅自行动的事情，于是Fortune停止了对Raiden的攻击，决定亲自去处理Fatman。当Fortune刚刚转身离开的时候，Raiden从掩体后面冲出来，向着Fortune连开数枪。当然，子弹无法伤害到Fortune，都在她的身前改变了方向。可是没想到有一颗子弹却正好命中了Vamp的前额，他应声倒了下去，Fortune急忙伸手扶住Vamp的身体，伤心地流下了眼泪，Raiden见状急忙趁机溜进电梯。可是当Raiden离开之后，Vamp又睁开了眼睛，对Fortune说自己不会再死第2次。
STRUT A，ROOF
现在，Raiden有400秒的时间赶到停机坪去拆除炸弹，不过在房顶的行动也不要过于匆忙，因为在靠近入口处有新安置好的Claymore地雷。先用Mine Detector将这些地雷收好，然后再一路穿过FA联络桥和EF联络桥，来到Strut E的停机坪上。
STRUT E，HELIPORT
来到停机坪上，先拿到Socom子弹，然后照直向前走。由于装备了Sensor A，可以清楚地知道炸弹所在区域(其实炸弹放置的地方并不隐蔽)。将其冷冻之后Fatman出现，提出要与Raiden一起做游戏，游戏规则是Fatman放置好一枚炸弹之后，Raiden要在限定时间内将其拆除。这个游戏并不好玩，可是没有办法，Raiden只能尽力而为。在对话过程中，Raiden向Fatman问及有关这次绑架行动所要赎金的事情，对此Fatman一无所知，他只是要借此机会来打败自己的老师Peter Stillman，从而证明自己才是世界上最棒的炸弹专家。谈话结束后战斗开始，Fatman虽然身材臃肿，却能穿着一双滚轴鞋来回快速滑行。
在Fatman滑来滑去的过程中，只要一有机会他就会放置炸弹，所有这些炸弹都有计时器，随着放置炸弹数量的增加显示在屏幕上，不过这些炸弹Sensor A都可以探测，因此不必担心找不到。大多数炸弹都在停机坪上某个箱子的一侧，只有个别炸弹被放到箱子下面或顶端。在战斗开始时，Fatman对Raiden造成的伤害只是撞击，只有到战斗将要结束的时候他才会拿出一挺轻机枪进行射击。由于Fatman穿着防弹衣，Raiden无法直接伤及他的身体，对付Fatman的唯一方法是将他击倒在地，然后射击他的头部，而将Fatman击倒的最简单方法是射他的滚轴鞋，一击见效。
当战斗开始的时候已经有两枚炸弹被放置好了，此时不必担心，转向Fatman射击他的滚轴，当他倒下时跑过去冲着他的头部连开两枪，然后打开Sensor A去搜寻炸弹。当Fatman再次冲过来时，如果他没有继续放置炸弹，还要射击他的滚轴，然后冲着他的头再开两枪。如此反复几次，直到将Fatman打倒，当然，在与Fatman战斗的同时，不要忘记拆除他所放置的炸弹。
Fatman虽然被解决掉了，但他在临死前启动了放置在Big Shell中最大的一枚炸弹。其实这枚炸弹并不难找到，只要将Fatman的尸体拉开，炸弹就显露出来了。放下Fatman的尸体，捡起Peter的狗牌，然后用Coolant将炸弹冷冻拆除。这时候Compbell上校呼叫Raiden，命令他继续营救总统的行动。在与上校对话中，Raiden同时接到了Pliskin的呼叫，他描述了一下Shell 2中的状况，说那里的情况一团糟，现在所要做的事情就是赶快使用直升飞机解救人质。
与Pliskin的联络结束后，Raiden刚要准备离开停机坪，就遇到了先前联络过自己的Mr.X。他告诉Raiden人质都被关押在Shell 1的内核中，其中有个叫Ames的特工是唯一知道总统所在之处的人。不过Ames是个什么模样的人目前还不清楚，只有通过Direction Microphone来听每个人质的心跳才能找出Ames，因为他的心跳有节律点。随后，Mr.X又将Card 2、B.D.U(敌人的服装)和一个手机交给Raiden，让他赶快到Strut F中拿到AK-74u，然后便可以伪装成敌人的样子混入人质被关押的地方。于是Raiden离开Mr.X，穿过EF联络桥，进入Strut F。
STRUT F，WAREHOUSE
在仓库内部，有3个原先无法进入的房间现在可以进入了。第1个是在顶层的中间，从里面可以拿到C4炸弹。下一个房间在南面，不过需要先解除里面的激光炸弹(射击房间两侧柜子顶上的绿色控制盒)才能拿到里面的M4和M4子弹，另外在墙角的通风井里还可以找到PSG1子弹。接着来到下一层，小心卫兵，进入北面的房间，在里面可以得到AK-74u、AK-74u子弹、M4子弹以及Socom子弹。将武器装备全部拿好后，返身离开仓库来到EF联络桥上。
EF CONNECTING BRIDGE
来到桥上后一直向前走，注意避开巡逻卫兵和Cypher，然后在桥身的岔路口向左转，快速向前跑(否则桥板会翻开，使Raiden掉落到海中)，冲入Shell 1的内核。
SHELL 1 CORE，1F
进入内核后，穿好B.D.U.并装备上AK-74u，这样便可以在内核中任意走动。不过不要做一些奇怪的动作，例如侧空翻或匍匐行进等，特别是不要撞到卫兵身上，否则便会被撕破伪装。经过一个监视器进入走廊，向南经过另一个监视器进入西侧的房间，在里面可从柜子中找到Chaff Grenades和M9子弹。在Node登录之后，从对面的房门出来，沿着走廊向上走，经过一个卫兵来到北面的电梯前，这时一定要穿好伪装，因为电梯前有个监视器。等电梯的门打开后，乘电梯来到B2。
SHELL 1 CORE，B2 COMPUTER ROOM
从电梯出来，穿过东边的走廊。下台阶后在前面找到Ration，接着来到西边走廊，在一排柜子中分别找到M4子弹和Socom子弹。接下来进入主机房，登录Node之后，在它的后面拿到Box 4和AK-74u子弹。在这个房间的西北角有个Directional Microphone，必须将它拿上，然后从房间出来，沿着东边的走廊向前走。在第一个柜子里拿到M9子弹后回到电梯处，乘电梯前往B1。
SHELL 1 CORE，B1
出电梯，先来到东边的房间里登录Node，并从柜子里找到Ration，然后进入下一个房间，从一排柜子里拿到Socom子弹和Stun Grenades。回到走廊中，抓住一个独自巡逻的卫兵(不要将其打昏)，拖着他来到扣押人质的房间前，将他的脸贴到视网膜扫描仪上将房门打开。进入房间后，发现这里只有一个卫兵。拿出Directional Microphone，逐个测听人质的心跳，当测听到Ames的时候会听到有别于其他人的“砰砰”声(通常情况下Ames会被安置在房间西南面的箱子前)。
向Ames说明情况后，Raiden了解到了有关总统的一些情况，并从Ames手中拿到Card 3，接着Ames让Raiden用Directional Microphone偷听对面房间中Ocelot和敌人头子Solidus Snake的谈话。从他们的谈话中Raiden感觉总统似乎是在与恐怖分子合作，而且敌人将要进行一次核武器攻击。当Raiden想要进一步窃听详细内容时，Ocelot打断了谈话并从房间出来，朝着Raiden和Ames走过来。
Ames见状急忙让Raiden不要慌张，自己装作心脏病发作，这样便可以欺骗Ocelot说是因为Ames心脏病发作才让Raiden过来查看一下。可是没想到弄假成真，Ames真的心脏病发作而死，而Raiden也被Ocelot揭穿了伪装。正当敌人准备攻击的时候，Mr.X再次出现掩护Raiden逃走。离开扣押人质的房间后，Raiden发现卫兵们都加强了戒备，处于警戒状态。记起刚才Ames曾提到总统被关押的地方在Shell 2内核中，于是便与Compbell上校联络进行确认，然后乘电梯返回到1F。
SHELL 1 CORE，1F
来到1F后，发现卫兵们还处于警戒状态，不停地来回巡视。等在电梯里不动，直到警戒状态解除。从电梯中出来，用Socom射击东面的监视器，然后从身后将走廊中巡逻的卫兵干掉，接着来到通向出口的走廊，用Socom射击这里的监视器。拿到M9子弹和Socom子弹后来到联络桥上，向南走进入Strut F中。
STRUT F，WAREHOUSE
由于刚才从Ames手中得到了Card 3，因此现在可以进入仓库中最后两个房间。这两个房间都在仓库顶层，一个房间位于西北角，在里面可以找到RGB6和RGB6子弹;另一房间则位于东南面，从里面可以拿到PSG1和PSG1子弹。如果还记得先前Ocelot和Snake的谈话内容，就应该知道在Shell 1-2联络桥上有一些Semtex，而要拆除这些Semtex就必须用到PSG1。拿好武器后，通过EF联络桥来到Strut D。穿过装配室，避开卫兵，来到DE联络桥上，等上方的卫兵朝另一侧看过去时，快速跑到另一端。在水池处干掉上方的两个卫兵，然后出去来到Shell 1-2联络桥上。
SHELL 1-2 CONNECTING BRIDGE
来到联络桥上后，接到Pliskin的呼叫，他告诉Raiden桥上安放了10个红外感应炸弹(炸弹的数量和位置根据游戏难度不同而有所不同)，于是Raiden拿出了PSG1，准备将这些红外感应炸弹的控制面板逐个击毁。第1个控制面板就在Raiden身后Shell 1的外侧墙壁上，第2个和第3个在前方台阶下面的左侧，第4个在对面的大铁罐上，第5个在桥对面右边的墙上，第6个在第5个的左侧，第7个在第5个的右下方，比桥稍微低一些的地方(有一群海鸥围在它的四周)，第8个在联络桥另一端的左侧，第9个在飘动的旗子后边，
第10个控制面板则在联络桥另一端上方巡视的Cypher上面。将这10个控制面板全部击毁后，Raiden接到Pliskin的呼叫，说他已经找到了一架直升机，如今正赶往Shell 1解救人质。当Pliskin带着Otacon驾驶直升机来到联络桥上空时，桥的另一端出现了Solidus Snake的身影，他诡称自己是Solid Snake，而直升机上的Pliskin则大叫那个人不是Solid Snake，并开始向他射击。其间Solidus Snake好几次称呼Pliskin为兄弟，这是怎么回事?难道Pliskin就是Solid Snake?
几轮攻击之后，Solidus Snake被打下联络桥，却被Vamp驾驶的鹞式战斗机接住。见此情景，Pliskin急忙给Raiden丢下来Stinger Missile Launcher和Stinger Missile，两人一起向鹞式战斗机发动攻击。Stinger Missile Launcher发射的导弹会对鹞式战斗机造成很大伤害，Pliskin会在Raiden需要Ration和Missile等补给时从直升飞机上扔下来，所以这场战斗难度并不算太大。不过如果Raiden不小心打中了Pliskin的直升机，那就不会再得到补给了。
经过一番激战，鹞式战斗机被击落，可就在它即将落入大海的一刹那，新型合金装备从海中跃起接住了它，把被打瞎一只眼睛的Solidus救走了。看到敌人逃走，Raiden向Pliskin询问为什么要隐瞒自己是Solid Snake，而Pliskin并没有给出满意的解释，只是让Raiden赶快到Shell 2的内核中去解救总统。由于刚才的激战，Shell 1-2联络桥被鹞式战斗机破坏得非常严重，已经无法直接通过了，唯一的途径就是从右侧的栏杆翻下去，跳到下面粗大的管子上。
顺着管子一直向前走(注意不要踩到鸟粪上，否则会滑落下去)，爬上前面的平台。转过拐角后，沿着铁桥一直向前跑，不要停，否则桥板翻开会掉落下去。当跑到铁桥的另一端后，越过栏杆跳落到下面的通道上，这时两个士兵出现在上方的桥上，用PSG1将他们干掉。沿着通道向前走，发现前面的一段联络桥也被破坏得不成样子，不过好在第1个缺口处可以紧贴着桥身一侧蹭过去，而第2个缺口处则可以吊挂栏杆爬过去，通过后顺着梯子爬上去，来到Shell 2。
STRUT L，PERIMETER
沿着通道向前走，避开左侧窗户里面的巡逻兵。前面通道上有个很长的缺口，只能紧贴着左侧墙壁一点点蹭过去，当遇到凸出的箱子时，还必须蹲下身子才能通过。当走到通道另一端后，发现上方通道上有个家伙急着上厕所，可是裤子碰巧又挂在桥栏杆上，一时动弹不了，于是就靠着桥栏杆小便，正好尿到下面的通道上。没办法，只有咬牙从污秽物上跑过去。越过栏杆之后，拿到AK-74u子弹，然后沿着通道向前走，经过一段楼梯，在通道尽头找到Ration。返身顺着楼梯向上走，听到烦人的嗡嗡声，原来是4个Cypher正在巡视，最好干掉它们。接下来在联络桥的南端可以找到Socom子弹，在北边可以找到PSG1子弹和Chaff Grenades，然后沿着联络桥走向内核，途中有两个缺口，可以使用侧空翻和悬吊技巧通过。
SHELL 2 CORE，1F AIR PURIFICATION ROOM
进入房间之后，Raiden注意到Olga正在用手机与人谈话。他立即使用Directional Microphone偷听Olga的谈话内容，得知总统被关押在前面的一个房间中，不过这个房间外面的通道上通着高压电流，必须使用Nikita遥控导弹将电源破坏才能进入房间。等到Olga谈话结束后，跑下一小段台阶，跳到箱子上，得到Socom子弹，在台阶栏杆旁边还有Nikita子弹。向前走，在前面的台阶前拿到M9子弹，上台阶后可找到Ration。在右侧的房间里有两个监视器和Nikita子弹，如果想拿到Nikita子弹就要先击毁监视器。沿着走廊向前走，在前面的房间中找到Node和M4子弹。登录Node后，转过拐角发现电梯，先到电梯右侧通道尽头拿到M4子弹，然后乘坐电梯来到B1。
SHELL 2 CORE，B1 FILTRATION CHAMBER NO.1
离开电梯，登录右侧的Node，发现地图上有一些闪着蓝光的区域。这些区域是Raiden可以从水中游上去换气的地方，非常重要。现在趟着水走下楼梯，转过拐角后潜入水中向前游。在第一个开口向右转，然后转入左侧的开口，从里面找到Night Vision Goggles。转身出来一直向前游，从一枚漂浮着的炸弹下面游过去后找到Nikita，接下来按原路往回游，然后乘电梯返回1F。
SHELL 2 CORE，1F AIR PURIFICATION ROOM
从电梯出来，准备好破坏高压电源，为了避免伤害到总统，最好先来到总统房间的外面反复敲击墙壁，总统就会走到墙边查看。这时赶快跑到先前经过的两段台阶之间的箱子上，向着对面的通风井中发射Nikita追踪导弹。当导弹发射出去后，控制着导弹先一直向前飞，接着左转经过斜面，然后右转进入总统的房间，最后击中房间右侧的高压电源。接下来进入总统房间与总统交谈，得知整个国家实际上是控制在一个由12人组成的叫Patriots的组织手中。
没有人知道他们到底是谁，他们操控了国家的全部政治活动，甚至连总统都是他们挑选出来的傀儡。为此，总统尽力帮助恐怖分子，希望能够得到新型的合金装备，用以作为对抗Patriots的筹码，夺回自己应有的权利。可是恐怖分子的头目Solidus Snake，就是Solid Snake和Liquid Snake的兄弟，也是美国的前任总统，在掌握了比海军所研制的Metal Gear Ray更为先进的合金装备之后，却决心要消灭Patriots，他对此不惜一切代价，即使让世界陷入混乱，也要与Patriots进行斗争。
这与总统的初衷完全背道而驰，于是总统取消了与恐怖分子合作的打算，他不想毁灭整个世界。在交谈即将结束时，Ocelot突然出现枪杀了总统，临死前总统交给Raiden一张病毒磁盘和Card 4，让他赶快找到B1中的小女孩Emma，只有她能帮助Raiden破坏新型的合金装备。从总统房间出来，收到Snake和Otacon的呼叫，他们似乎早就知道了有关新型合金装备的事情，并且说Emma是Otacon的妹妹，从小患有恐水症，让Raiden一定要将她从水下救出来。通话结束后，沿着走廊转到电梯处，乘坐电梯来到B1。
SHELL 2 CORE，B1 FILTRATION CHAMBER NO.1
顺着楼梯走入水中，沿通道一直向前游。在第一个开口向左转，游出一段距离，然后在下一个开口向右转。拿到Ration后向左转，来到尽头再向右转，打开舱门，发现Peter的尸体漂了出来。穿过舱门，发现前面都是一些爆炸之后的残骸，这时要仔细留意地图，上下游动找到通路，然后一直向右前进。转过拐角后顺着楼梯走上来，穿过前面的房门准备与Vamp战斗。当战斗开始时要立刻用Nikita射击Vamp的头部，趁他跳入房间中央水池里的时候(注意，Raiden不能掉入水池，否则毙命)赶快用手枪将房间四周的灯光打灭，否则会被Vamp用飞刀将影子钉住而无法动弹。当Vamp从水中跳出来时会落到房间四周的墙上，不停地投掷飞刀，这时只要绕着水池飞跑便不会被击中。等Vamp跳到走廊上时再用武器攻击他，他便又会跳到水中。这样反复几次，最终将Vamp消灭。
SHELL 2 CORE，B1 FILTRATION CHAMBER NO.2
战斗结束后，穿过前面的房门，沿着楼梯走下去，进入水中。一直向前游，右转之后一直游到尽头，从左侧的开口里面拿到Body Armor，然后游过前面的开口，顺着楼梯走上去。进入房间后登录Node，然后在一排柜子中分别拿到Thermal Goggles和Pentezemin，接着拿出Directional Microphone对着中间的柜子探听并找到了Emma。与Emma交谈，说服她一起从这里游水出去，然后背着Emma潜入水中，按照刚才的路线游回到与Vamp战斗的房间。在路上要时刻注意Emma的氧气槽，因为她的肺活量要比Raiden小很多，所以要经常让Emma到水面上换气。
SHELL 2 CORE，B1 FILTRATION CHAMBER NO.1
进入房间之后，要留意通道上的地雷。从对面的房门出来后，Emma向Raiden讲述了有关新型合金装备的详细情况。对话后Raiden带着Emma先后游过满是残骸的房间和下一个房间，然后顺着楼梯从水中走出来。来到电梯前，Emma害怕海虫无法进入电梯，这时可先将她打昏拖入电梯，然后乘电梯来到上一层。
SHELL 2 CORE，1F AIR PURIFICATION ROOM
先将Emma留在电梯里，Raiden出去把休息室外的卫兵干掉，然后将Emma带出电梯，沿着通道向前走。来到休息室东面拐角处时，让Emma留在这里，Raiden跑过去干掉西面拐角处的卫兵，然后继续带着Emma前进，穿过房门，来到外面的联络桥上。
KL CONNECTING BRIDGE
先让Emma等在门口，Raiden跑到桥上干掉巡逻的卫兵和Cypher。拿到Ration、PSG1子弹和Chaff Grenades之后，返回去带上Emma，沿着桥身向南走。这时损毁的桥身已经修补好，不过有一段桥身还燃烧着火焰。用Coolant扑灭火焰，带着Emma进入前面的Strut L。
STRUT L，SEWAGE TREATMENT FACILITY
将Emma留在门边，Raiden跑到大厅另一侧拿到Socom子弹，接着转过拐角，用M9干掉大厅对面的卫兵。此时另一个卫兵应该靠近门边，射击栏杆底部吸引他注意，他会走出来查看。将卫兵干掉后，将Emma带过通道，穿过舱门，顺着梯子来到下面的Oilfence。
STRUT L，OILFENCE
顺着梯子下来后，收到Snake的呼叫，他说可以让Emma自己穿过前面的通道，而Raiden则要用PSG1掩护她前进。通话结束后，Emma便开始独自慢慢向前行进，这时要装备好Thermal Goggles和PSG1，帮助Emma将前进道路上的Claymore地雷击毁，同时干掉巡逻的卫兵和Cypher。如果需要帮助，可以呼叫Snake，他也将掩护Emma前进。当Emma即将走到目的地时，先前被干掉的Vamp突然从上面桥上跳下来抓住Emma，这时必须用PSG1打中Vamp的头部将他杀死。可是在Vamp掉入水中的同时，他也对Emma造成了致命伤害，Snake急忙跑到桥上冲到Emma身前，将她带到Shell 1内核中的电脑房中。
STRUT E，PARCEL ROOM，B1
现在，Raiden必须在300秒内到达Shell 1内核的电脑房中。穿过舱门后，从下一扇门出去，穿过北面的房门，在里面得到Digital Camera。从房间出来，顺着楼梯走上去。在北面的传送带下面找到Stinger子弹，接着来到东南面，从房门出来。在桥上干掉巡视的Cypher，然后穿过联络桥，进入Shell 1内核，乘坐北面的电梯。
SHELL 1 CORE，B2 COMPUTER ROOM
来到电脑房，看到Snake和Otacon正看护着Emma，同时他们还在上传磁盘中的病毒。可是当病毒上传到90%的时候被强行终止，而装载有新型合金装备的Arsenal Gear也被启动了。这时Emma由于伤重死在Otacon的怀中，3人顾不得悲痛，立刻分头行动。Otacon去营救人质，而Snake和Raiden则去破坏Arsenal Gear。当二人来到电梯前时，Snake对Raiden说必须找到内部的人帮忙才能进入Arsenal Gear，于是Snake叫来了先前曾经出现过两次的Mr.X。可是令人意想不到的是，Mr.X用长刀将Raiden打昏，当Raiden倒地的一刹那，他看到Mr.X竟然是Olga。
ARSENAL GEAR，STOMACH
从刑讯室的床上醒过来，Raiden发现Solidus和Ocelot站在面前。当Solidus审讯Raiden的时候，从他的口中了解到他竟然是Raiden的“父亲”，而且是他一手训练出了Raiden。等Solidus和Ocelot离开后，Olga出现了。她好像是Patriots派来解救Raiden的，因为她的孩子被Patriots控制着作为人质。现在Raiden必须尽快摧毁Arsenal Gear，否则不但很多无辜的人会受到伤害，而且Olga的孩子也将被Patriots杀死。至于Olga刚才的举动只是为了能将Raiden和Snake带入Arsenal Gear内部，如今Snake正在通向Arsenal Gear核心的走廊中等着Raiden赶快去与他会合。当Olga离开房间后，Raiden被放下来，登录Node，穿过旁边的房门。
ARSENAL GEAR，JEJUNUM
由于Raiden赤身裸体没有武器，因此只能千方百计避开通道中巡逻的敌人。从房门出来，跑到对面箱子后面，趁卫兵转向另一侧时快速跑上楼梯。在上一层，先跑过左侧的铁桥，向前走出一段距离后再穿过右侧的铁桥，注意不要被巡逻的卫兵发现，然后一直向前走，穿过前面走廊尽头的房门。
ARSENAL GEAR，ASCENDING COLON
进入通道后，先在南端拿到Ration，然后跑向通道北端，这时收到Rose的呼叫，她说自己欺骗了Raiden。原来她是Patriots派在Raiden身边的间谍，时刻监视着Raiden的行动。交谈后，Snake从身后出现，将Raiden的装备还给他，并且还把Olga曾经使用的长刀交给了他。Raiden拿着长刀和Snake练习了一会(可以将Snake打倒，拿到Pliskin的狗牌)，便穿过前面的房门。
ARSENAL GEAR，ILLEUM
进入这个区域后，Raiden和Snake被一个Cypher发现，于是激烈的战斗开始了。在战斗过程中，Snake会经常扔给Raiden一些子弹，因此不必担心弹药不够用。此外Raiden也可以使用长刀来对付敌人，不但可以将敌人砍倒，而且还能封挡敌人射过来的子弹。将敌人全部干掉后，从警戒状态恢复正常状态，同时收到Otacon的呼叫，他说Compbell上校的呼叫频率似乎是来自这个区域的内部，让人感到非常奇怪。联想到刚才Compbell发送信息时的胡言乱语，Raiden觉得这个从来没有见过面的上司很可能不是一个真人，而是一个电脑AI。不管怎样，拿上Ration，进入下一个区域。
ARSENAL GEAR，SIGMOID COLON
来到这个区域后，使用长刀干掉冲上来的敌人。在战斗过程中经常会出现Mission Failed(任务失败)的状况，其实这只不过是Arsenal Gear AI感染病毒之后的表现，因此不必担心。将敌人全部消灭后，Fortune突然出现，Snake决定自己来对付这个难缠的女人，而让Raiden赶紧去摧毁合金装备。当Raiden来到顶层圆形平台上时，Solidus正在这里等着他。交谈之后，几个Metal Gear Ray开始向Raiden发动攻击。
它们的攻击方式主要分为3种，第1种是用肩膀上的机枪扫射，第2种是发射导弹以及口中射出激光，第3种则是跳起来踩踏。对付Metal Gear Ray既可以用Stinger Missile直接攻击它的头部，也可以先攻击它的膝盖，使其跪下将头部暴露出来，然后立即射击它的头部，这样可以对它造成很大伤害。不过Metal Gear Ray打倒一个便又出现一个，似乎永远打不完。当Raiden几乎要放弃的时候，Olga出现，帮助Raiden抵挡Metal Gear Ray的攻击。
一旁的Solidus见此情景，出手将Olga杀死，然后指挥Metal Gear Ray继续攻击Raiden。危急时刻，Metal Gear Ray突然发生故障，完全失去了控制，这都要归功于先前输入的病毒程序。看到自己已经无法操控Metal Gear Ray，Solidus一怒之下将它们全部摧毁。这时Fortune出现在平台上，Snake已经被他捉住，而Raiden也被Solidus用机械手臂掐昏过去。当Raiden醒来的时候，Solidus的机械手臂还掐着他的脖子，因此要不停地挣扎(按行动键V)才能呼吸。
等到Solidus说完话后，他便会将Raiden扔到一边继续与Fortune交谈。谈话过程中，Ocelot也加入进来，说出了整个事件的真相。原来Ocelot早已被Patriots所雇佣，从两年前的油轮事件一直到现在所发生的一系列事情都是Patriots在幕后控制的。而Snake、Raiden、Solidus以及其他所有人都是Patriots在这些事件中所实验的对象。最后Ocelot杀死了Fortune，驾驶着新型合金装备准备离开，没想到Liquid Snake再次控制了他的思想，使得他驾驶着合金装备撞到了曼哈顿的联邦大厅。
FEDERAL HALL
合金装备撞到联邦大厅上后，Raiden和Solidus双双掉落到大厅屋顶上，于是最终的决战在这里激烈地展开。与Solidus的战斗非常艰苦，由于只有使用长刀才能对他造成伤害，因此必须熟练掌握挥舞长刀的技巧。此外联邦大厅的屋顶面积狭小，还要时刻注意不被Solidus从楼上打下去。对付Solidus的最好方法是趁他发动攻击的时候抓住机会反击，特别是用长刀的组合攻击，这样能对Solidus造成一定的伤害。当Solidus的生命值减少到一定程度时他会将机械手臂扔掉，然后更加快速地攻击Raiden，这时要不断使用侧空翻技巧来避开Solidus的攻击，同时看准机会攻击他，直到最终将他干掉。
战斗结束了，Raiden在现实生活中不知道该何去何从，幸好Rose并不是Patriots虚拟出的AI，她又重新回到了Raiden的身边，而Snake和Otacon则继续调查着有关Patriots的事情。不过令人感到奇怪的是，Patriots组织中的12个成员都已经死去了，而且还是早在100年前。那么先前一系列的事件又是怎么发生的呢?到底是何人在操纵呢?目前还没有人知道，或许将来才能找到答案。
