本游戏的主人公约那森·你，曾经是一个富于正义感的传教士，由于对自己的信仰产生了动摇，便开始从事巫师猎人的工作。当你听说了艾丽·凯沃的传说后，便决定到布莱尔城去探询宗教和神秘主义真理。
游戏一开始,你正在给马里兰州巴尔的摩的朋友写信。告诉他自己将在明天去布莱尔镇调查那里发生的事情。
当你走在去布莱尔镇的路上时，远处有一个老妇女正在匆匆忙忙离开城镇，你便走上去和她交谈。老妇女将布莱尔镇发生的那些恐怖事件告诉了你，并警告你，灾难已经降临到了布莱尔镇，你最好立刻离开。继续往前走，看见昔日繁华的街上一个人也没有，两边的房子都上了锁。在到达教堂之前会遇到一个父亲带着他的孩子，和他交谈，父亲非常不情愿地告诉你镇上有许多孩子都失踪了，大家都怀疑是布莱尔女巫做的。所以大家都纷纷逃离这里，父亲说如果要了解详细的情况最好去镇长官府找法官约那·思德，说完，两父子就离开了城镇。
现在去调查所有的店铺、酒馆及其他的民房，不是上了锁就是没有人在。到街道右侧的粮仓，是一间有两个白色门的房子，里面会有一只狗跑出来要咬你，你可以用明火枪打死它，然后拿走一壶威士忌酒。离开粮仓进到教堂前右侧的镇长官府，从前门进入到右边的法官办公室，按照前面那位父亲的建议，与里面的地方法官约那谈一谈。他会将布莱尔镇和附近发生的神秘事件都告诉你，特别是棺材石发生的事件。他坚持不要外界的干涉，他还告诉你他已经关押了两个嫌疑犯在监狱里，就等着巴尔的摩来人审判。在你的坚持下，法官给了你监狱的钥匙和棺材石的地图，并允许你去和两个囚犯交谈。另外，约那还建议你到神父古德菲那里找一些线索。等法官说完之后，从前门离开镇长官府，然后到教堂。
进入教堂后面的白色小屋，与神父海尔·古德菲交谈，他会按宗教上的观点来分析最近布莱尔镇发生的事件。神父还告诉你棺材石位于小镇旁的森林中间，现在森林里到处都是僵尸，他请求你为了全镇的人们尽快查出事情的真相，将布莱尔镇从灾难中解脱出来。等神父说完之后，再进入监狱。
顺着台阶往下走，到门口用法官给你的钥匙开门。进去以后向右转，沿着石阶一直向前，然后到左边的牢房和第一个囚犯酒鬼贺润·黑涛交谈，但他坚持说如果没有威士忌酒，他一句也不会说。拿出你从粮仓里拿来的威士忌给他，他声称自己是清白无辜的，他只是为了躲避可怕的女巫艾丽·凯沃。然后隔壁的牢房和由于被控施展巫术而被囚禁的伊丽莎白·泰乐交谈，泰乐告诉你她是作为异教徒而被囚禁的，她也同样声称自己是无罪的，她只是法官过于丰富的想象力的牺牲品。为了查出事情的真相，你决定去棺材石看看。
顺着教堂旁边的路进入森林，在稠密黑暗的森林中，那些小路弯弯绕绕看起来好像无穷无尽，而且到处都是岔路，通向各个方向。沿着左边的路一直往前走，直到你到达棺材石，可以利用地图来判断棺材石的方位。森林中到处都是死尸，可并没看到神父说的僵尸。到达棺材石以后，你会看到一个孩子，手脚被缚，被钉在棺材石上。你刚准备去救那个孩子，听见一个幽灵般的声音说，你最好快点离开这里，否则会死得很惨。别理会它，靠近孩子。这是地上的死尸会站了起来，该是你战斗的时候了，拔出明火枪，向僵尸开火，一定不要让僵尸抓住你，否则他会吸干你的血；同时也别浪费弹药。僵尸被打死后，你会得到子弹或是补充生命值魔法值的蜡烛。把僵尸消灭光后，救下孩子。
把孩子带回小镇教堂，正好法官约那也在，你向约那和海尔神父讲述了去棺材石的经过。神父和法官对你最近的行为大为赞赏，约那把自己的来福枪送给你防身。海尔神父告诉你，在教堂的对面有一个墓地，那里埋有一个威力极大的基督教圣物十字架，为了不让这件圣物落到坏人的手中，神父让你去把它取回来。然后神父给了你开启墓地的咒语--一个画卷。离开教堂后你应该立即去墓地。
在墓地门口，取出画卷，使用咒语打开墓地的大门，走进去。僵尸会从地面站起来攻击你，用武器向它们射击直到它们倒下为止。更多的僵尸蜂拥而来，其中一个戴着你要找的圣物十字架，这时最好使用约那给你的来福枪，因为它的威力比较大，把僵尸消灭，得到圣物十字架。在墓地你还可以得到一些子弹。离开墓地，回到教堂，海尔神父将告诉你十字架的用法。
现在回到监狱去见女巫泰乐，告诉她你在棺材石见到的景象，你还对泰乐说想到凯沃的房子里去寻找线索。泰乐告诉你在她的魔法书里有一张到凯沃家的地图，但可惜魔法书在她家里。她给了你钥匙让你去把魔法书取来。走出监狱，来到泰乐家，使用钥匙打开房门，在火炉旁的地上放着魔法书，捡起来。这时候，房门开了，进来了一个隐形怪兽，这时要使用灯笼